Directie:

Algemeen directeur: Prof. dr. Frank van Vree
Directeuren  Onderzoek (adjunct-directeur): Prof. dr. Peter Romijn
Directeur Collecties & Diensten: Drs. Piet van Wijk 
Directeur Algemene Zaken: Drs. Piet van Wijk 

Onderzoek:

De afdeling Onderzoek is verantwoordelijk voor het verrichten van wetenschappelijk onderzoek. Daarnaast zorgt de afdeling Onderzoek ervoor dat de onderzoeksresultaten via lezingen, congresdeelnames, workshops en publicaties zowel nationaal als internationaal worden verspreid.

Hoofden: Prof. dr. Peter Romijn

Collecties & Diensten:

De afdeling Collecties & Diensten zorgt voor het beheer en de toegankelijkheid van de archieven, de collecties en de bibliotheek. Tevens is de afdeling Collecties & Diensten verantwoordelijk voor de online services van het NIOD en de dienstverlening op de studiezaal.

Hoofd: Drs. Piet van Wijk

Holocaust- en Genocidestudies:

De afdeling Holocaust- en Genocidestudies houdt zich bezig met wetenschappelijk onderwijs en onderzoek naar de Holocaust en andere genocides. Ook verzorgt de afdeling in aansluiting hierop het mastertraject Holocaust- en Genocidestudies aan de Universiteit van Amsterdam.

Hoofd: Dr. Nanci Adler

Algemene zaken:

De afdeling Algemene zaken is verantwoordelijk voor de financiën, personele zaken, facilitaire dienstverlening, ICT, het gebouwbeheer en secretariële zaken.

Hoofd: drs. Piet van Wijk 

Publiek en Communicatie:

De afdeling Publiek en Communicatie adviseert de directie en medewerkers over de communicatiestrategie bij diverse werkzaamheden. Daarnaast onderhoudt de afdeling contacten met de pers en is zij verantwoordelijk voor het initiëren en organiseren van publieksactiviteiten.

Wetenschapscommissie

De Wetenschapscommissie van het NIOD bestaat uit de volgende leden:

• Prof. Dr. Bob Elson
  Emeritus Professor of Southeast Asian History, School of History, Philosophy, Religion, and Classics|
  The University of Queensland
• Prof. Dr. Maria Grever (voorzitter)
  Hoogleraar Theorie en Methoden van de Maatschappijgeschiedenis
  Directeur van het Centrum voor Historische Cultuur, ESHCC, Erasmus Universiteit Rotterdam
• Prof. Dr. Gerhard Hirschfeld
  Oud-Directeur van de Bibliothek fuer Zeitgeschichte/Library of Contemporary History
  Hoogleraar moderne en hedendaagse geschiedenis, Universiteit Stuttgart
• Prof. Dr. Charles Jeurgens
  Hoogleraar archivistiek, Universiteit Leiden
  docent Archiefwetenschappen, Universiteit van Amsterdam
• Prof. Dr. Susan Legêne
  Hoogleraar politieke geschiedenis, Vrije Universiteit Amsterdam
• Prof. Dr. Bruno De Wever
  Hoogleraar hedendaagse geschiedenis, Universiteit Gent
• Prof. Dr. Irene Zwiep
  Hoogleraar Hebreeuwse taal en cultuur, Universiteit van Amsterdam
  Directeur van het Instituut voor Cultuur en Geschiedenis