Vanaf 1933 zijn door toedoen van het naziregime veel kunstwerken onvrijwillig uit het bezit geraakt van hun eigenaren. Het Expertisecentrum Restitutie verricht onderzoek naar vraagstukken die verband houden met kunstroof en restitutie.
Grootschalig onderzoek naar het gebruik van extreem geweld tijdens de dekolonisatieoorlog in Indonesië.
De dagboekcollectie
Na de bevrijding op mei 1945 is het NIOD begonnen met het verzamelen van dagboeken. Inmiddels bestaat de dagboekcollectie van het NIOD uit ruim 1700 dagboeken. Hiermee vormt deze collectie een belangrijk onderdeel van de totale collectie van het instituut.